João Augusto Marques Gomes, filho de Francisco Tomé Marques Gomes e de Ana Cân­dida Barros de Almeida, nasceu na freguesia da Vera-Cruz, em Aveiro, no dia 6 de Fevereiro de 1853.

Fez estudos ao nível secundário no então Liceu Nacional de Aveiro. Foi amanuense/ escriturário no Governo Civil de Aveiro, mas não se empenhou por uma carreira na Administração Pública, porque necessitava de todo o seu tempo para o estudo da História e da Arte, de que era tão dedicado entusiasta.

O seu baptismo jornalístico foi no “Distrito de Aveiro", em crónicas avulsas e, em 1875, apenas com 22 anos de idade, publicava a sua primeira obra de história local Memórias de Aveiro. Numerosos documentos e obras historiográficas pertencentes ao seu pai e avô podem ter contribuído para o seu profundo interesse pela História. Os seus conhecimentos sobre o constitucionalismo, patentes entre outras obras, nas Lutas Caseiras — Portugal de 1834 a 1851, motivaram o seguinte comentário a Oliveira Mar­tins: «Um trabalho minimamente sugestivo, um bom serviço à história contemporânea.» Os seus trabalhos sobre a história nacional, por exemplo, a participação no volume XII da História de Por­tugal, Popular e Ilustrada, sob a direcção de Pinheiro Chagas, contribuíram, sem dúvida, para confirmar a sua erudição, figurando o seu nome entre os membros da "Real Academia de História" e da "Academia de Ciências de Lisboa".

Mas o conjunto da sua obra versou especialmente Aveiro e o seu distrito. Foi o primeiro a preocupar-se com a história da sua terra. Restitui-­lhe a consciência do que fora, a sua memória perdida. O investigador, historiador e crítico Marques Gomes sempre apoiou os artistas e empresas ligadas à tradicional actividade cerâmica da sua região — como a Fábrica da Fonte Nova, a Fábrica de Porcelanas da Vista Alegre e a Fábrica dos Santos Mártires / Aleluia; dirigiu agremiações de carácter religioso e cultural; organizou a Exposição Distrital de Aveiro em 1882, para comemorar o centenário da morte do Marquês de Pombal; organizou a Exposição de Arte Religiosa no Colégio de Santa Joana, em 1895; foi o fundador do Museu Regional de Aveiro, criado em 1911, projecto que era defendido há muitos anos por si e outros aveirenses, como Joaquim de Melo Freitas e Joaquim de Carvalho...

De todos os seus empreendimentos, a organização do Museu de Aveiro foi o maior serviço prestado à sua cidade, opinião que o prémio Nobel da Medicina, Egas Moniz, quis tornar pública, durante uma conferência realizada em Lisboa, em 16 de Janeiro de 1916.

Marques Gomes escreveu numerosos artigos para a imprensa. Foi colaborador efectivo do "Distrito de Aveiro" e de "O Campeão das Províncias", tendo também colaborado em muitos outros periódicos.